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据说后来成祖入南京继帝位时，怪僧姚广孝怕成祖杀他，为之求情，说杀了方孝孺天下读书的种子就绝了。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪的情况，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
宽刑省狱。建国之初，太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况严重。他认为：“法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保。”因而，屡兴大狱，杀的人很多；还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉割、凌迟等，因此有获罪的大臣跪求“臣罪当诛，谢主隆恩”，比较起来，能被砍头也成了幸运的事。
建文帝在当皇太孙时就已经意识到太祖用刑过猛，因此登基后力图改变这种情况。他在做皇太孙时就向祖父请求更定《大明律》。他以《大明律》与历朝法律作比较，认为《大明律》用刑过重，改正了其中量刑较重的部分律法。其父朱标生前曾练习处理国事，以宽大为怀。朱标死，太祖也叫朱允炆断刑狱之事，朱允炆一如其父风格。那时，他就获得了广泛的称誉。如今即位，他要全面改正洪武吏治，力图创造出和谐的宽政。建文帝即位仅一个多月，下诏全国行宽政、平反冤狱。洪武时期的一些冤假错案得到了纠正，一批无辜的官吏得以恢复自由，被发配远方的人也得以回到家乡。据记载，建文朝监狱里的罪犯比洪武朝减少了三分之二。建文帝的这些措施实际上是对太祖朱元璋严刑峻法的一种调整，也反映了建文帝与太祖执政风格的迥异。
减轻赋税。建文元年（1399）正月，建文帝令减轻江浙地区的田赋。明初以来，江浙地区的田赋明显重于其他地方，这是因为朱元璋憎恨江浙地区的缙绅当年依附张士诚而采取的惩治措施。另外，朱元璋特意规定江浙人不许担任户部的职位，目的在于防止江浙人偏袒家乡。建文帝则认为江浙重赋只是用惩一时，不应该形成定制，既然田赋减轻了，浙东人自然也可以担任户部的官职。他还针对寺庙侵占民田的情况，下令僧道每人占田不得超过5亩，多余的要退官，分给农民。
然而，建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，而且他所重用的大臣也多是读书人，因此改革中难免有理想主义色彩。他接受方孝孺的建议，甚至要恢复西周时期的井田制度。他还使用一些《周礼》中的官名，依古制改革某些官职。中国后世的知识分子有着强烈的崇古情结，言必称三代，似乎那时的制度是完美的，那时的社会是理想的，今不如昔。其实，且不说井田制是否真正的执行过还有争论，即使有过井田制但在今天的情况下，复古这些制度是没有任何意义的。从这一点我们不难发现，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的一个主要原因。
锐意削藩。太祖朱元璋建立明朝以后，为保证大明国祚绵长，亲自设计、制定了多项重要政策，并以宝训的形式固定下来，要求后代子孙严格遵守，大臣有敢轻议者严惩不贷。分封宗藩就是其中一项重要政策。朱元璋先后于洪武三年（1370）、洪武十一年（1378）、洪武二十四年（1391）三次共封 25人（二十四子和一个从孙）为藩王，分镇全国各地。朱元璋认为 ，“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国”。 藩王的权势很重，拥有自己的军队，少则三千，多则数万。特别是北方边防线的几名“塞王 ”，拥有指挥军队的权力，如宁王朱权“带甲八万，革车六千”，连朵颜三卫都要听他调遣 。太祖朱元璋本意是要以藩王来确保朱家江山，却没有想到虽然为继任者去掉了骄兵悍将这根尖刺，却留下了拥兵自重、尾大不掉的宗藩这另一根尖刺。当时的有识之士，已经清醒地认识到宗藩为“三忧”之一（另两忧为边防和河患），多次上疏太祖。朱元璋不允许有人要改变这项政策，甚至加以杀戮。然而他没有想到，在他刚刚辞世不久，他亲立的皇太孙就因此而丢掉了皇位，真是莫大的讽刺。
藩王拥兵自重、分踞一方的形势成为建文帝心腹大患，使他常常难以入眠。建文帝知道，虽然自己贵为天子，但是以朱棣为首的藩王多是自己的叔叔，正挟重兵虎视眈眈，未必会把自己放在眼中。他还清晰地记得，一次只有燕王和他在的场合，燕王以手拍他的后背，以开玩笑的口吻对他说：“不意儿乃有今日！”这情景恰巧被太祖朱元璋看见了，责问朱棣怎敢如此无礼。建文帝急忙为朱棣开脱，但心里却久久不能平静，从那时就开始考虑如何处理宗藩问题了。
在改革中的一项重要措施就是削藩，当时的藩王多是朱允炆的叔叔，而且手中都有兵权，他们在自己的藩地为非作歹，有的甚至摩拳擦掌准备造反，对建文帝造成严重威胁。燕王朱棣就是其中最有代表性的一位，当时朱元璋的前三个儿子都已经亡故，朱棣成为了皇子中的最长者，而且随着朱棣在对蒙古作战的过程中不断壮大，他已经成为了皇权最大的威胁。
即皇帝位后，建文帝依赖齐泰、黄子澄等人，将削藩付诸实际行动。建文帝削藩的第一个目标就是周王朱橚。建文帝密令李景隆以北上备边的名义兵临开封，趁周王毫无准备之际突然将其抓捕，送至京师。建文帝将周王谪遣到“烟瘴之地”的云南蒙化，后又把他召回京师禁锢起来。为什么首先选择周王呢？周王朱橚，朱元璋的第五子，洪武十一年（1378）封周王，十四年（1）就藩开封。这次削周王名义上是因为周王次子告发他“异谋”，其实还有另外一层原因。藩王中以燕王朱棣实力最强、野心最大，建文帝一直以燕王朱棣为最大的对手，这次削藩的周王是燕王的同母弟，二人皆为妃所生（在此问题上有异议），关系最为密切，因此建文帝先废周王，有去燕王手足的用意。随后，建文帝又先后废湘王、齐王、代王、岷王等四王，目标直指燕王朱棣。
在削藩问题上，朝臣本来有着不同的意见。以前军都督府左断事高巍和户部侍郎卓敬为代表的一些大臣主张采用汉代“推恩”的办法曲线削藩。他们建议建文帝把藩王的权力分封给藩王所有子孙而不仅仅是嫡长子一人，而且要异地分封，这样藩王的权力就会逐渐削弱，不会再威胁到朝廷。卓敬更是建议建文帝立即将燕王迁封到南昌，既维护了亲情，又削弱了他的力量。建文帝认为很好，却没有去实行。以齐泰、黄子澄为首的大臣坚决主张削藩，但在具体削藩策略上有所不同。黄子澄认为燕王实力强大，应该先削弱小的周、齐、代诸王，去燕王的羽翼，待时机成熟再削燕王。齐泰则主张擒贼先擒王，只要先铲除燕王，其他诸王自然无力反抗了。可惜的是，建文帝听取了黄子澄的意见。建文帝并未意识到他的行动实际上已经打草惊蛇，燕王朱棣正发展势力，蓄势待发，一场大战迫在眉睫。
可以说建文帝的削藩主要是针对燕王的。但建文帝的决策错误害了他，在重大问题的决策上，这是他的第一个错误。他并没有先削燕王，而是先从燕王的同母兄弟周王下手，这样不仅引起了亲王们的岌岌自危，还打草惊蛇，使得燕王加紧做出准备。在建文帝决定对朱棣下手的时候，为时以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖难的大旗。
在最初的战斗中朝廷的兵力占绝对优势，但由于李景隆的指挥不当，明军屡遭败绩。由于兵力所限，燕军占领的城市都是很快的放弃，因此双方展开了拉锯战。在此期间明军中涌现出了一批比较优秀的将领，他们的顽强抵抗给朱棣造成了极大的威胁。但是朱允炆的软弱再一次显示出来，他的一道圣旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃过了多次劫难，建文帝的妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。
朱元璋在遗诏中说朱允炆“仁明孝友”，这是为史家所认同的。