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到了1502年降低到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年经过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷。军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总理蓟、昌、保三镇练兵，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时严惩贪官污吏，裁汰冗员。张居正改革后，万历初年呈现出太平盛世的景象，史称万历中兴。
万历中兴
张居正死后初期，万历帝尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。万历14年后，神宗就开始连续不上朝。万历十七年元旦后，神宗以日食为由免去元旦朝贺，此后每年元旦神宗再也不视朝。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。御使袁可立借雷震景德门的机会上疏抨击朝政，被震怒的神宗皇帝罢官为民。神宗委顿于上，百官党争于下，政府完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。然后正是由于这些原因，民间工商业以及文化得到极大的发展，万历年间是明代经济最发达的时期，所谓资本主义萌芽，正是兴盛于此。
万历朝包括援助李氏朝鲜抵抗日本侵略的壬辰倭乱、平定宁夏哱拜之乱、平定贵州杨应龙之乱的万历三大征都取得了胜利。
万历四十六年（1618年），后金汗努尔哈赤以“七大恨”告天，誓师叛明[8]。次年在萨尔浒之战中大败明军，明对后金从此转为战略防御。万历48年，神宗病逝。
天启时期
泰昌元年(1620)，光宗驾崩。长子朱由校继位，是为明熹宗，改元天启。熹宗文化水平不高，又喜欢木匠工作。阉党魏忠贤趁势而起，结党乱政，明朝社会更加黑暗。
所谓的“魏忠贤乱政”，是明朝文官集团中占有优势数量的“东林党”和“浙党”、“齐党”、“鲁党”为了各自的利益所引发的。皇帝企图通过内廷与朝中少数派的官员联合起来，从东林党把持的内阁中争夺权力的斗争。这种斗争随着天启皇帝病逝而最后告终。天启皇帝死后，崇祯皇帝又开始起用“东林党”官员，1627年十月魏忠贤被皇帝调到凤阳看守皇陵，魏忠贤上吊自杀。
崇祯时期
天启七年，熹宗死去。继任熹宗的是其弟信王朱由检，是为思宗（明安宗初谥为思宗，后改为毅宗，明绍宗谥为威宗），年号崇祯。他即位后，锐意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宫外。时机成熟后，崇祯帝下令魏忠贤去凤阳守陵。魏忠贤在前去过程中得知被崇祯帝已派锦衣卫来逮捕他，便与党羽李朝钦一起自缢。崇祯帝将其首级悬于河间老家。同时将客氏押到浣衣局处死。阉党其它分子也被贬黜或处死。阉党专权虽然结束，但其后朝中又党争不断，崇祯帝对朝政又开始失望。为中兴国政，他开始加强集权，力图控制百官，任用宦官来贯彻自己的革新意志。
1629年（崇祯二年）10月，后金汗皇太极由蒙古人做向导亲率大军，通过喜峰口，从龙井关突破长城，攻陷遵化、滦州、永平、迁安四座要塞，直逼帝都。由于人事变动，朝廷一度失去了对辽西边防军的控制，而卫戍帝都之三大营为后金武力威慑，北京城外园亭庄舍被入侵者蹂躏殆尽。 同年12月，崇祯帝诏令天下兵马进京勤王。
1630年（崇祯三年），帝以“咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将负责辽东军务的袁崇焕处死。同年，后金大军直抵北京城外，明廷大震，重庆女总兵秦良玉挺身而出，率领“白杆兵”主动向八旗军发起进攻。在北京永定门外，皇太极派出多尔衮部迎战秦良玉部。这一仗，秦良玉率白杆兵在孙承宗等老将的配合下战胜铁蹄骑兵。之后，秦良玉又趁风雪之夜成功偷袭后金大汗皇太极的大营。迫使皇太极不得不连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，无功而返，退出关外。
1640年，明清松锦之战爆发，1642年洪承畴在松山被俘，祖大寿在锦州投降。松锦之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。
1641年，李自成攻陷洛阳，杀福王朱常洵。1643年十月年李自成攻破潼关，十一月占领西安。张献忠领导的农民军先是攻克了湖广地区，后又攻克四川，建立大西政权。1644年李自成在西安建立大顺政权，年号永昌。1644年（崇祯十七年）三月，农民军攻陷大同、宣府、居庸关。十八日，农民军攻克北京外城。次日凌晨，崇祯帝在北京煤山自缢，明朝灭亡。
打击贪官
朱元璋出身贫苦，从小饱受元朝贪官污吏的敲诈勒索，他的父母及长兄就是死于残酷剥削和瘟疫，自己被逼迫从小出家当和尚。所以，在他参加起义队伍后就发誓：一旦自己当上皇帝，先杀尽天下贪官。
后来他登基皇位不食言，果然在全国掀起轰轰烈烈的“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。他的办法很特别：
首先，朱元璋对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。当他发现御史宇文桂身藏十余封拉关系拍马屁私托求进的信件后，立即派人对中央各部和地方官府进行调查。结果显示从上到下贪污腐败现象极其严重，他龙颜大怒，立即诏令天下：“奉天承运，为惜民命，犯官吏贪赃满六十两者，一律处死，决不宽贷。”并称：从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。
其次，朱元璋敢于从自己身边“高干”开刀。明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部。由于大量留用元朝的旧官吏，以及一些造反起家的功臣。他们有恃无恐贪赃枉法。朱元璋大胆对这些官员进行惩处。
洪武十五年，户部官员与地方官府勾结，采取预先空白报表盖印后私自填充虚假支出数额营私肥己贪污财物。朱元璋发现后，立即将各地衙门管印的长官全部处死；副长官打百棍边疆充军。三年后，又查出户部侍郎（相当今天的副部长）郭桓和各司郎中（司长）、员外郎（副司长）与各地到中央缴纳课税的官员结成贪污团伙，采取多收少纳、捏报侵欺手段贪污国库物资折合粮食达两千四百万石的犯罪事实。他将这些贪官统统处死，各省、府、县牵连人员无一幸免，一时几万贪官人头落地，受到不同处理的人就更多了。洪武二十五年，户部尚书赵勉伙同老婆内外受贿十几万银两东窗事发，结果夫妻二人双双成了刀下鬼。
洪武十六年，刑部尚书开济接受一死囚家贿银万两，用另一死囚做替死鬼。他还勒索其他罪囚家人钱物，并导致一家20口人全部自杀的悲剧。洪武十九年，刑部郎中、员外郎受贿虚报死亡并私放两死囚。这些大贪官都被朱元璋斩首。
洪武十八年，工部许多官员借营建宫廷之机，采取虚报工匠工役人数天数多领工银，发放时克扣工匠银两私吞。朱元璋在一次突击检查中就查处侍郎韩铎、李桢贪污受贿案，并且带出中央专门派去监督工部的工科给事中。
洪武十八年，兵部侍郎王志把征兵之机当作生财之道，接受逃避服兵役的世袭军户所送贿银达23万两。朱元璋把他也送上断头台。
洪武十九年，礼部侍郎章祥，伙同员外郎辛钦，竟然私自侵吞皇帝赏赐公主婚礼的银两，也被朱元璋拿了个正着。
朱元璋为了监督各级官吏行为，专设都察院御史和六科给事中职位。然而这些监督部门也被腐败了。洪武十九年，都察院御史刘志仁奉命去淮安处理一宗案件。到达后他故意拖着案子不审，吃了原告吃被告，勒索两家许多钱物，还诱奸良家民女。后被朱元璋处死。朱元璋又查出六科有61个给事中存在不同程度的贪污受贿行为，一一做了处理。
第三，朱元璋发明“剥皮实草”的残酷刑法处置贪官。一天，朱元璋在翻阅一批处死贪官的卷宗时突发奇想：百姓痛恨的贪官一刀斩首太便宜了他们，何不采取挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。他还创造了“剥皮实草”刑法，把那些贪官拉到每个府、州、县都设有的“皮场庙”剥皮，然后在皮囊内填充稻草和石灰等等物品。