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永乐五年（1407年），下诏在北京修建宫殿。永乐七年（1409年），成祖巡幸北京，在北京设立六部与都察院，并在北京为逝世的徐皇后设立陵寝，已经显示迁都的迹象。经过十几年的经营，北京初步得到了繁荣。1416年，朱棣公布迁都的想法，得到认同。永乐十五年开始大规模营造北京，永乐十八年宣告完工，永乐十九年正式迁都。朱棣统治期间史称永乐盛世。
成祖对异议者强力镇压，诸如黄子澄、齐泰等建文旧臣等都被杀。其中以方孝孺的诛族和景清的“瓜蔓抄”最为惨烈。另外他还设置了另外一个特务组织——东厂。明代厂卫制度确立。
仁宣之治
明仁宣之治是明成祖朱棣以后，明仁宗朱高炽和明宣宗朱瞻基采取了宽松治国和息兵养民的政策.明初社会经济经洪武、建文、永乐三朝的恢复发展，到仁宗、宣宗两朝，出现了社会经济的繁荣。仁宗时“停罢采买，平反冤滥，贡赋各随物资产，陂池与民同利”。宣宗时实行重农政策，赈荒惩贪。仁宣两朝，内阁大学士杨士奇、杨溥、杨荣执掌朝政，多有建树。他们在位期间成为历史上的吏治清明，经济发展，社会稳定的时期。后世称之为“仁宣之治”，比之于西汉“文景之治”。
土木之变与夺门之变
宣德十年（1435年），9岁的明英宗朱祁镇继位。在张太皇太后及元老重臣杨士奇、杨溥、杨荣（三杨）的辅佐下，明朝继续沿着仁宣时期的路线稳步前进。正统七年（1442年）太皇太后死，三杨也退出政治舞台，于是英宗宠信的宦官王振更加专横跋扈，开始专权。
正统初年，蒙古瓦剌部逐渐强大，经常在明朝边境一带生事。瓦剌首领也先在正统十四年（1449年）七月南下攻明。王振即挟英宗领兵五十万亲征。大军离京后，兵士乏粮劳顿。八月初大军才至大同。王振得报前线各路溃败，惧不敢战，又令返回。回师至土木堡时，被瓦剌军追上，兵士死伤过半，随从王公大臣或死难或被俘。而英宗突围不成被俘，王振也被护卫将军樊忠打死，此即为土木堡之变。
土木堡之变的消息来到京师后，朝中混乱。一些大臣要求迁都南京，被兵部侍郎于谦驳斥。继而大臣拥戴英宗弟朱祁钰即位，是为代宗，改元景泰。同时于谦积极备战。同年十月，瓦剌军直逼北京城下，安置英宗于德胜门外土关。瓦剌军队的进攻未果，大败逃走，明军取得了北京保卫战的胜利。
也先见继续绑架英宗已无意义，乃于次年八月释放英宗。但代宗先是不愿遣使迎驾，又把英宗放在南宫软禁，并废皇太子朱见深（英宗之子，后来的宪宗）为沂王，立自己的儿子朱见济为太子。十六日，副都御史徐有贞率军夜入南宫，拥戴英宗夺门（东华门）复位，改元天顺。又杀害于谦及大学士王文，诬陷其欲立襄王之子为帝。此为夺门之变，又号“南宫复辟”。
宪宗时期
英宗复辟八年而死，儿子朱见深即位，是为明宪宗。成化二年谕祭于谦，复其子冕官，成化十一年恢复代宗帝号。又能体谅民情，励精图治，俨然为一代明君。琉球、哈密、暹罗、土鲁番、撒马儿罕等国纷纷入贡。但好景不长，宪宗好方术，终日沉溺于后宫，与比他大18岁的万贵妃享乐，并宠信宦官汪直、梁芳等人，他们肆意挥霍国库，导致国政大乱。而朝廷中佞臣当道，政局昏暗。宪宗还设置皇庄，开明代土地兼并之先河。另外，宪宗还开始了皇帝直接颁诏令封官的制度，是为传奉官。结果传奉官泛滥，舞弊成风。直到孝宗时期这些官员才全被裁撤。宦官汪直受到宪宗的宠信，张狂跋扈，设置特务组织西厂大肆冤杀普通民众与官员，民愤四起。成化十八年（1482年），汪直才因言官弹劾而被贬。
成化初期，明朝不时受到逐渐强大的建州女真侵扰，每年被掠大量财物，人民不堪其苦，成化帝多次招抚建州首领董山不成。成化三年，明廷诱使董山来朝谢罪之机斩杀董山，并由赵辅统兵5万出击建州，意在犁廷捣巢，朝鲜受到成化帝敕令而协同明军作战，此战失去头目董山的建州女真大败，军队被斩杀数万，从此一蹶不振，百年之后方得复苏。
弘治中兴
宪宗死后，明孝宗朱佑樘即位。由于孝宗自幼生于微寒，所以孝宗在位期间“更新庶政，言路大开”，使英宗朝以来奸佞当道的局面得以改观，被誉为“中兴之令主”孝宗的励精图治，被称为弘治中兴。虽末年宠信宦官李广，但是立刻改过自新，历代史学家对他评价极高。 孝宗在位期间，先是将宪宗期间留下的一批奸佞冗官尽数罢去，逮捕治罪。并选贤举能，将能臣委以重任。孝宗勤于政事，每日两次视朝。孝宗对宦官严加节制，特务部门也只能谨慎行事，用刑宽松。孝宗力行节俭，不大兴土木，减免税赋。用情专一，一生除了张皇后外无任何妃嫔。在其治理下，弘治朝吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，百姓富裕。
武宗时期
弘治十八年五月，孝宗病死。十五岁的太子朱厚照即位，是为武宗，改元正德。武宗精通佛学，会梵文，还能礼贤下士，但贪图享乐。刘瑾、马永成、谷大用、魏彬、张永、丘聚、高凤、罗祥等八位过去的东宫宦官相互勾结，是为“八虎”。刘瑾的专权也引发了朝中大臣一其它“七虎”的不满。最终刘瑾被凌迟处死。
正德十二年十月，蒙古鞑靼小王子率五万人大规模侵入边境，正德帝御驾亲征击败小王子，史称“应州大捷”此役后果是，鞑靼人“是后岁犯边，然不敢深入。”
武宗的荒游逸乐导致正德年间土地兼并激烈，阶级矛盾和统治集团内部矛盾加深，因此变乱频生，先后发生宁夏安化王朱寘鐇谋反、直隶刘六、刘七起义、江西宁王朱宸濠谋反等重大事件。正德十五年，武宗于南直隶清江浦（江苏淮安）泛舟取乐时落水染病。正德十六年（1521年）三月武宗去世。
嘉靖时期
武宗无子嗣无兄弟。死后由孝宗弟兴献王长子朱厚熜即位，是为明世宗。世宗一即位，罢黜各地镇守太监，整顿税收，节俭财政，似乎要有所作为。但是大礼议事件严重损害了朝政：世宗要求称生父为皇考，称孝宗为皇伯考。但内阁首辅杨延和、礼部尚书毛澄等坚持以为不可，但是也有一些大臣纷纷迎合帝意。最后世宗尊其生父恭睿渊仁宽穆纯圣献皇帝，庙号睿宗。这样睿宗神主就升祔太庙，而跻于武宗之上（嘉靖帝隆庆元年，罢睿宗明堂配享）。大礼仪引起轩然大波，朝臣中反对者均受打击，或被罢官，或被入狱。受杖者一百八十余人，杖死者十七人。自嘉靖二十一年（1542年）“壬寅宫变”后世宗即不视朝。此后宠臣严嵩专政20余年。
嘉靖一朝，北面鞑靼部趁明朝衰弱而占据河套。嘉靖1550年，鞑靼首领俺答汗进犯，在北京城郊大肆抢掠之后西去，明军在追击中大败，此为庚戌之变。穆宗时，明朝与蒙古通好，俺答被封为顺义王，在南部海疆，倭寇横行，人民生活生产受到严重破坏。但是后为戚继光、胡宗宪、俞大猷剿灭。
隆庆新政
世宗去世后，皇子朱载垕即位，是为明穆宗，改元隆庆。穆宗在位六年，任用能臣如高拱、徐阶、张居正等。
隆庆朝名臣名将荟萃，陆上与蒙古达成和议，史称俺答封贡；海上开放民间贸易，史称隆庆开关；因为这两项伟大措施，明朝又重现中兴气象，史称隆庆新政，为万历中兴奠定了基础。
张居正改革
隆庆六年，明穆宗突然中风驾崩，子朱翊钧继位，改元万历，是为神宗。由于年幼，由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，张居正得到冯保的支持。
张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。洪武年间，全国耕种田地有八百五十万零七千六百卅二顷。到了1502年降低到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年经过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷。