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然而天有不测风云，洪武二十五年（1392）四月，年仅38岁的皇太子朱标英年早逝，史称”懿文太子”，这令朱元璋异常伤心。朱元璋制定的嫡长子继承制受到了考验，朱元璋不得不重新选择他的继承人。按照嫡长子继承制，朱标的长子朱雄英是不二人选，可惜他在10年前就死了，这样朱标次子朱允就成为首选。然而朱元璋担心朱允儒雅仁柔，难以担负起治理国家的重任。此外，朱元璋也曾考虑过从几个儿子中选择。二子秦王朱此时最长，但他实在是不成器，荒唐成性。四子燕王朱棣文韬武略，是个不错的人选。一次，朱元璋对几个心腹大臣流露出立燕王的可能性时，翰林学士刘三吾认为不可，”立燕王，置秦、晋王于何地？且皇长孙四海归心，皇上无忧矣。”朱元璋于是下定决心，九月，立朱允为皇太孙。
洪武三十一年（1398），开国皇帝朱元璋病逝，遗诏命皇太孙朱允继位。朱元璋在遗诏中明东陵享殿遗址说朱允”仁明孝友”，这是为史家所认同的。朱允14岁时，他的父亲太子朱标患有重病，身上有个大肉瘤，苦不堪言。朱允尽心伺候，日夜守在身边。朱标去世后，朱允将三个年幼的弟弟接到一起，对他们的饮食起居照顾得十分周到，并没有让他们觉得孤独。朱元璋病逝前，脾气异常暴躁，许多人担心因此遭到祸患，朱允亲自服侍，常常整夜无法入睡，但他也没有一句怨言。生性”仁明孝友”的朱允，21岁的时候被推上了权力的巅峰，承继了朱元璋开创的一统南京明故宫午门天下，改年号为建文。然而，细心的大臣会发现，新君的脸上并没有君临天下的惊喜，更多的则是愁容。是啊，年轻的皇帝面前有两道难解的题目：一是如何改变太祖建国以来形成的动辄杀戮的严峻政治氛围；二是如何解决太祖分封宗藩形成的尾大不掉的局面。也许太祖朱元璋生前并没有想到，外表仁弱的皇太孙登基伊始就开始着手变革他所开创的大明王朝。
建文新政洪武年间，经过太祖朱元璋的整治，当时国家统一，社会安定，经济得到了恢复和发展，吏治较以前大为清明。然而他生性”雄猜好杀”，屡次兴起大狱，动辄杀戮，政治气氛非常凝重，文武大臣人人自危。
建文帝对局势有着深刻的认识，因此继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政，史称”建文新政”。
”秀才朝廷”。太祖朱元璋用武力夺得天下，自然而然地形成了右武的局面。洪武时，南京贡院军事衙门大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封”诚意伯”，而武将得封公侯者甚多，称王者也不少。这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知。
建文帝有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，他自己确定新年号为”建文”，与乃祖父”洪武”刚好形成鲜明的对照，从中可见建文帝治国方略的改变。他还立即将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子。兵部尚书齐泰，洪武十七年（4）应天府乡试第一，次年进士。太常寺卿兼翰林学士黄子澄，洪武十八年（5）会试第一，与齐泰同榜。翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。据说后来成祖入南京继帝位时，怪僧姚广孝怕成祖方孝孺像杀他，为之求情，说杀了方孝孺天下读书的种子就绝了。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为”秀才朝廷”。
这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪的情况，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
宽刑省狱。建国之初，太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况严重。他认为：”法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保。”因而，屡兴大狱，杀的人很多；还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉割、凌迟等，因此有获罪的大臣跪求”臣罪当诛，谢主隆恩”，比较起来，能被砍头也成了幸运的事。
建文帝在当皇太孙时就已经意识到太祖用刑过猛，因此登基后力图改变这种情况。他在做皇太孙时就向祖父请求更定《大明律》。他以《大明律》与历朝法律作比较，认为《大明律》用刑过重，改正了其中量刑较重的部分律法。其父朱标生前曾练习处理国事，以宽大为怀。
朱标死，太祖也叫朱允■断刑狱之事，朱允■一如其父风格。那时，他就获得了广泛的称誉。如今即位，他要全面改正洪武吏治，力图创造出和谐的宽政。
建文帝即位仅一个多月，下诏全国行宽政、平反冤狱。洪武时期的一些冤假错案得到了纠正，一批无辜的官吏得以恢复自由，被发配远方的人也得以回到家乡。据记载，建文朝监狱里的罪犯比洪武朝减少了三分之二。建文帝的这些措施实际上是对太祖朱元璋严刑峻法的一种调整，也反映了建文帝与太祖执政风格的迥异。
减轻赋税。建文元年（1399）正月，建文帝令减轻江浙地区的田赋。明初以来，江浙地区的田赋明显重于其他地方，这是因为朱元璋憎恨江浙地区的缙绅当年依附张士诚而采取的惩治措施。另外，朱元璋特意规定江浙人不许担任户部的职位，目的在于防止江浙人偏袒家乡。明故宫玉带桥建文帝则认为江浙重赋只是用惩一时，不应该形成定制，既然田赋减轻了，浙东人自然也可以担任户部的官职。他还针对寺庙侵占民田的情况，下令僧道每人占田不得超过5亩，多余的要退官分给农民。
然而，建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，而且他所重用的大臣也多是读书人，因此改革中难免有理想主义色彩。他接受方孝孺的建议，甚至要恢复西周时期的井田制度。他还使用一些《周礼》中的官名，依古制改革某些官职。中国后世的知识分子有着强烈的崇古情结，言必称三代，似乎那时的制度是完美的，那时的社会是理想的，今不如昔。其实，且不说井田制是否真正的执行过还有争论，即使有过井田制但在今天的情况下，复古这些制度是没有任何意义的。从这一点我们不难发现，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的一个主要原因。
锐意削藩。太祖朱元璋建立明朝以后，为保证大明国祚绵长，亲自设计、制定了多项重要政策，并以宝训的形式固定下来，要求后代子孙严格遵守，大臣有敢轻议者严惩不贷。分封宗藩就是其中一项重要政策。朱元璋先后于洪武三年（1370）、洪武十一年（1378）、洪武二十四年（1391）三次共封25人（二十四子和一个从孙）为藩王，分镇全国各地。朱元璋认为，”天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国”。
藩王的权势很重，拥有自己的军队，少则三千，多则数万。特别是北方边防线的几名”塞王”，拥有指挥军队的权力，如宁王朱权”带甲八万，革车六千”，连朵颜三卫都要听他调遣。太祖朱元璋本意是要以藩王来确保朱家江山，却没有想到虽然为继任者去掉了骄兵悍将这根尖刺，却留下了拥兵自重、尾大不掉的宗藩这另一根尖刺。当时的有识之士，已经清醒地认识到宗藩为”三忧”之一（另两忧为边防和河患），多次上疏太祖。朱元璋不允许有人要改变这项政策，甚至加以杀戮。然而他没有想到，在他刚刚辞世不久，他亲立的皇太孙就因此而丢掉了皇位，真是莫大的讽刺。
藩王拥兵自重、分踞一方的形势成为建文帝心腹大患，使他常常难以入眠。建文帝知道，虽然自己贵为天子，但是以朱棣为首的藩王多是自己的叔叔，正挟重兵虎视眈眈，未必会把自己放在眼中。