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到了武汉战役结束之后、由于战场的扩大与战争消耗，日军越来越多将三单位制师团与独立混成旅团投入了第一线。因此、日军进行了编制上的调整，将三单位制师团的后勤部队予以补充，使总人数达到了1。5-1。7万人。独立混成旅团的步兵大队改为辖四个步兵中队与一个机枪中队，总人数达6000-7000人。该编制仅限于一线部队，守备部队仍为原编制。另外又开始将四单位制师团改为三单位制。
太平洋战争爆发之后、日军又编组了两旅团制师团。师团下辖两个步兵旅团，旅团辖四个步兵大队、步兵大队辖四个步兵中队与一个机枪中队（八挺重机枪）。师团无炮兵、仅直辖工兵队、辎重队与通讯队，总人数为11980人。
到了一九四四年、日军又将师团分为甲乙丙三种（此时己无四单位制师团了）。甲种师团有两类、一类为原有的常设师团、总人数为2。1万人，拥有三十六门75mm山炮或野炮。一类为原有的特设师团与三单位制师团，总人数为1。8万人。乙种师团也是三单位制师团、只是没有炮兵联队与骑兵（搜索）联队，总人数为1。4万人。丙种师团即两旅团制师团。同时、日军又出现了独立警备队与独立步兵旅团两种编制。独立步兵旅团的编制与两旅团制师团所辖的步兵旅团相同，人数为5100人。独立警备队下辖六个步兵大队、大队下辖三个步兵中队与一个机枪中队（四挺重机枪），无特种兵（在此处、特种兵指步兵以外的其他兵种），总人数为4900人。
一九四五年、日军对兵力编制做了最后一次调整、大致有以下几点、1、给丙种师团的步兵大队增编一个步兵炮中队。2、将独立混成旅团的步兵大队改为辖有四个步兵中队、一个机枪中队与一个步兵炮中队，人数达1500人的大编制。旅团炮兵则辖有六门野炮与十二门山炮，同时其工兵、辎重部队也予以扩编，使其总人数达8000人以上。3、编组了丁种师团，其编制大体与丙种师团同，但无特种兵。其步兵大队的机枪中队只有四挺重机枪，步兵小队仅有一挺轻机枪与一个掷弹筒。
以上就是抗战时期日军编制的全部情况了。
师团平时编制：
指挥官为：中将11340人
辖：
步兵2个旅团、炮兵1个联队、骑兵1个联队、辎重1个大队、弹药纵列1个大队、军乐队；战时：增加大小桥梁纵列各1个大队、野战卫生部
2、旅团编制：
指挥官为：少将5690人
辖：
2—4个联队，包括骑、工、炮及其他兵种
3、人员计算：
（一）分队：
（二）小队：（排）三至四个分队；骑兵为50人；步兵为70人；指挥官为：中、少尉
（三）中队：（连）三至四个小队；骑兵为150—200人；步兵为210—280人；210人为：大尉指挥官
（四）大队：（营）二至四个中队；骑兵为300—600人、400—800人；步兵为420—840人、560—1120人；630人为中佐、少佐指挥官
（五）联队：（团）三个大队；骑兵为900—1800人、1200—2400人；步兵为1200—2400人、1680—3360人；1890人为大佐指挥官